有机肥是富含有机质肥料的统称，它主要包括农家肥、人粪尿、各种禽畜类圈肥、各种绿肥、堆肥、农作物秸秆、柴草、落叶、沼肥等，当然也包括商品有机肥。
植物（包括果树）不能直接吸收利用植物秸秆、落叶杂草、树皮等有机物质，果树吸收利用的是有机物质经过腐熟、分解后形成的腐殖酸、氨基酸等。
所以严格的说，未经发酵腐熟的人粪尿、各种禽畜粪、树枝、农作物秸秆、柴草落叶等，只能叫做有机物，不是有机肥。就好比生的米、面、油、肉，只是食物，不是食品，更不能直接食用。
作物生长不光需要氮、磷、钾等无机合成营养和矿物质营养，更需要腐殖酸、氨基酸等有机营养。有机营养是连接植物、土壤、土壤微生物和植物营养的纽带，处于植物营养的中心位置。
有机营养的主要作用有：
（1）直接参与植物新陈代谢。植物可以直接吸收简单糖类、氨基酸、腐殖酸等有机物，这些有机物直接参与到植物内部转化、代谢、合成等生物化学过程。
（2）提高矿物质元素有效性和肥料利用率。腐殖酸中大量的有机酸类等，使土壤中难溶性矿物质养分转成可溶，有利于同亲脂性和细胞膜亲和，提高矿物质营养元素的有效性。
（3）提高作物抗性。腐殖酸中水溶性多糖可调节植物细胞质浓度，降低冰点使植物抗寒，生物碱、酸类物质抵御或杀灭病原菌和有害昆虫，增强植物抗病虫能力。
（4）激活、增加土壤有益微生物。腐殖酸为土壤微生物提供了充足的营养，使土壤微生物种群和数量增加。
（5）改善土壤理化性质。腐殖酸中的活性有机物和土壤矿物质形成有机胶体，促使土壤团粒结构形成，可全面改善土壤水、肥、气、热状况。
施用有机肥能促进土壤微生物生长，促进作物吸收利用 有机肥料含有大量的有机质，是各种微生物生长和繁衍的好场所。有机肥的有机物在腐熟过程中还能产生各种酚、维生素、酶、生长素及类激素等物质，促进作物根系生长和对养分的吸收。
而施用生物菌肥，增加土壤生物菌量，活化土壤，增加土壤养分的利用效果。生物菌肥可在植物微生物代谢循环中起催化作用，能促进土壤团粒结构的形成，改善土壤内部空隙空间，增加土壤生物活性，增强速效性养分的释放，有利于根系生长，提高植物的抗逆性。
施用生物菌肥是为了增加土壤“有益微生物”，土壤微生物显着的成效就是“分解有机质”。
比如作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用，并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。
然后，土壤微生物还可以分解矿物质，土壤微生物的代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷，钾细菌能分解出钾矿石中的钾，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也离不开土壤微生物。这些土壤微生物就好比土壤中的肥料加工厂，将土壤中的矿质肥料加工成作物可以吸收利用的形态。
生物菌肥与有机肥配合使用效果好，有机肥提供有机质，生物肥提供有益微生物，另外有机质是微生物的食物，土壤中有机质越多微生物才能活的更好！
有机物为有益微生物提供大量食物，有益微生物促进有机肥的腐殖，二者搭配施肥，相互促进，取长补短，相互利用，可以改良疏松土壤，提高土壤的透气性、保水性，增强根系的吸收能力，提高肥料利用率，从而降低化肥的施用量。
无机肥料是通过土壤中有机质的分解、转化、间接供作物吸收，而有机质的增加又促进土壤活性的增加，给微生物创造了生存活动、繁殖的空间，反过来生物菌的大量活动又激活了土壤活性，形成对土壤十分有利的良性循环。
随着有机物的增加，作物的抗逆能力也随之增强，同时把土壤中残留下来的无效磷、无效钾变为有效磷和有效钾，供作物吸收利用，这样可减少化学肥的用量，提高肥效，降低成本。
